Reproducible Research with R and RStudio – Livro sobre Pesquisa Reprodutível

Ainda sobre o assunto da reprodução de pesquisas, está em vias de ser lançado um livro sobre o assunto chamado Reproducible Research with R and RStudio escrito por Christopher Gandrud.

No enxerto do livro o autor disponibiliza 5 dicas práticas para criação/reprodução de pesquisas que são:

  1. Document everything!,
  2. Everything is a (text) file,
  3. All files should be human readable,
  4. Explicitly tie your files together,
  5. Have a plan to organize, store, and make your files available.

 

 

Reproducible Research with R and RStudio – Livro sobre Pesquisa Reprodutível

Replicação em Pesquisa Acadêmica em Mineração de Dados

Lendo este post do John Taylor sobre a replicação da pesquisa econômica publicada até em journals de alto impacto lembrei de uma prática bem comum em revistas acadêmicas da área de Engenharia de Produção e Mineração de Dados que é a irreprodutibilidade dos artigos publicados.

Essa irreprodutibilidade se dá na forma em que se conseguem os resultados, em especial, de técnicas como Clustering, Regras de Associação, e principalmente Redes Neurais.

Um trabalho acadêmico/técnico/experimental que não pode ser reproduzido é a priori 1) metodologicamente fraco, e 2) pessimamente revisado. Trabalhos com essas características tem tanto suporte para o conhecimento como a chamada evidência anedótica.

Depois de ler mais de 150 papers em 2012 (e rumo aos 300 em 2013) a estrutura não muda:

  • Introdução;
  • Revisão Bibliográfica;
  • Aplicação da Técnica;
  • Resultados; e
  • Discussão na qual fala que teve  ganho de 90% em redes neurais.

Há um check-list bem interessante para analisar um artigo acadêmico com um péssimo DOE, e mal fundamentado metologicamente:

Artigos de Clustering 

  • Qual foi o tamanho da amostra?;
  • Qual é o tamanho mínimo da amostra dentro da população estimada?
  • Foram realizados testes estatísticos sobre a população como teste-Z ou ANOVA?
  • Qual é o P-Valor?
  • Qual foi a técnica para a determinação da separação dos clusters?
  • Quais os parâmetros foram usados para a clusterização?
  • Porque foi escolhido o algoritmo Z?

Artigos de Regras de Associação

  • Qual foi o suporte mínimo?
  • Qual é o tamanho da amostra e o quanto ela é representativa estatisticamente de acordo com a população?
  • O quanto o SUPORTE representa a POPULAÇÃO dentro do seu estudo?
  • Como foi realizado o prunning as regras acionáveis?
  • A amostra é generalizável? Porque não foi realizado o experimento em TODA a população?

Redes Neurais

  • Qual é a arquitetura da rede?
  • Porque foi utilizada a função de ativação Tangente e não a Hiperbólica (ou vice-versa)?
  • A função de ativação é adequada para os dados que estão sendo estudados? Como foi feito o pré-processamento e a discretização dos dados?
  • Porque foi escolhida o número de camadas internas?
  • Tem taxa de aprendizado? Qual foi e porque foi determinada essa taxa?
  • Tem decaímento (Decay)? Porque?
  • E o momentum? Foi utilizado? Com quais parâmetros?
  • Qual estrutura de custos está vinculada nos resultados? Qual foi a quantidade de erros tipo I e II que foram realizados pela rede?
  • E o número de épocas? Como foi determinada e em qual momento a rede deixou de convergir? Você acha que é um erro mínimo global ou local? Como você explica isso no resultado do artigo

Pode parecer algo como o desconstrucionismo acadêmico fantasiado de exame crítico em um primeiro momento mas para quem vive em um meio no qual estudos mais do que fraudulentos são pintados como revolucionários é um recurso como um escudo contra besteiras (Bullshit Shield).

Em suma, com 50% das respostas das perguntas acima o risco de ser um paper ruim com resultados do tipo “caixa-preta” já caí para 10% e aí entra o verdadeiro trabalho de análise para a reprodução do artigo.

Abaixo um vídeo bem interessante sobre papers que nada mais passam de evidência anedótica.

Replicação em Pesquisa Acadêmica em Mineração de Dados

Comparação das técnicas de aprendizado de máquina para previsão de sobrevivência em Câncer de Mama

Um ótimo estudo do BioDataMining que poderia ser reproduzido aqui em terra brasilis. Uma crítica que eu vejo nesse trabalho foi que a seleção de atributos como diria o Daniel Larose foi um pouco black-box e particularmente a abordagem em Algoritmos Genéticos não deve ser tão performática em relação a SVM (o ponto dos autores é que os dados tinha uma dimensionalidade razoável).

A comparison of machine learning techniques for survival prediction in breast cancer

Comparação das técnicas de aprendizado de máquina para previsão de sobrevivência em Câncer de Mama